Et biofilter bygges opp av en tank som er tett i bunnen og åpen i toppen. Litt opp fra bunnen monteres det en rist. Oppå risten legges det plastbrikker/bio-legemer med stor overflate hvor bakteriene fester seg. Vannet føres vanligvis inn på toppen av biofilteret og ut i bunnen. Biofilter har overløp og arrangement for tilbakespyling/vasking. I et biofilter omdanner bakteriene skadelig ammonium til ufarlig nitrat.